Hauptsache versteckt und in Sicherheit lautet das Motto der Fledermaus, wenn es um die Quartiersuche geht. Jede Art bevorzugt dabei ihre eigene Art von Tagesquartier: eine aufgegebene Spechthöhle, eine Rindenspalte, eine Felsnische oder auch menschgemachte Behausungen wie Schlupflöcher hinter Fassaden oder Dachböden werden von einigen Arten gerne angenommen. Als Winterquartier werden meist Höhlen und Stollen genutzt – Hauptsache sie sind frostfrei.
Die Quartiere sind elementarer Bestandteil des Lebens der europäischen Fledermäuse. Hier werden in sogenannten Wochenstuben die Jungen großgezogen, teilweise sind sie als Liebesnester Ort der Paarung, und auch der Winterschlaf findet hier statt. Eine Störung der Quartiere, beispielsweise durch Gebäudesanierung oder das Fällen von Habitatbäumen mit Baumhöhlen zerstört somit einen Teil ihrer Lebensgrundlage. Umso wichtiger, dass die Heinz Sielmann Stiftung alte, unbenutzte Bunkeranlagen wie in den Sielmann Naturlandschaften Döberitzer Heide und Tangersdorfer Heide als Unterschlupf für Fledermausarten erhält.